Ao longo de 100 anos, entre 1911 e 2010, o Colégio Dante Alighieri adquiriu, por meio de diversas doações, exemplares de fósseis, esqueletos, animais taxidermizados e material biológico conservado. Essas peças eram, então, utilizadas pelos professores como ferramenta complementar ao ensino-aprendizagem nas aulas de ciências e biologia da instituição.
Em 2011, em decorrência da grande quantidade de peças e exemplares adquiridos, providenciou-se um local para o armazenamento de tais objetos, estabelecendo-se assim o novo Museu de História Natural do Colégio Dante Alighieri.
Os parâmetros necessários e exigidos para que o local se estabelecesse como uma instituição museológica foram atendidos de acordo com o Estatuto de Museus, conforme Lei nº 11.904, de janeiro de 2009, e pelo seu enquadramento na regularização do plantel de animais vivos, conforme Instrução Normativa 169, de 20 de fevereiro 2008, bem como pela aprovação de órgãos ambientais responsáveis pela fiscalização e autorização da fauna silvestre nativa e exótica (Ibama e Secretaria do Meio Ambiente).
Atualmente, a coleção em exposição e o acervo do museu estão sendo organizados e catalogados por uma equipe de biólogos e taxonomista do Colégio. São mais de mil peças que oferecem acesso a várias vertentes do conhecimento:
- Osteologia: exemplares completos e partes de diversos mamíferos, aves, répteis, anfíbios e peixes ósseos;
- Dioramas da Mata Atlântica e Cerrado brasileiros;
- Fósseis: diversas réplicas e amostras reais dos primeiros registros de vertebrados e invertebrados extintos, além de maquete para demonstração do processo de fossilização;
- Coleção antropológica de primatas com réplicas autênticas de crânios;
- Variedades de amostras de organismos diafanizados e fixados em álcool;
- Painéis de Explosão da vida na Terra, Sistema Solar, Processo de fossilização e Gigantes na Terra;
- Coleção de documentários sobre diversos temas. São exibidos diariamente para visitantes externos e alunos;
- Mantenedouro: animais terrestres, dulcícolas e marinhos.
As portas do museu permanecem abertas diariamente aos alunos (para ministração de aulas e visitas), pais e demais funcionários do Colégio. Visitas de público geral somente com agendamento.