Referência nacional na área de pesquisa agrícola, o Instituto Biológico administra um vasto conjunto de laboratórios espalhados pelo estado de São Paulo. Apenas em sua sede, na capital paulista, o IB abriga os Centros de Pesquisa e Desenvolvimento de Sanidade Animal, Vegetal e Proteção Ambiental, além do Museu do Instituto Biológico, do Centro de Memória e de uma biblioteca que conta com mais de 100 mil volumes em seu acervo.
Já no interior, mantém o Centro Avançado de Tecnologia do Agronegócio Avícola, no município de Descalvado, a Unidade de Pesquisa e Desenvolvimento, em Bastos, e o Centro Experimental Central, em Campinas.
O Instituto também é responsável por uma série de publicações e boletins científicos e mantém sob sua guarda um importante acervo de helmintologia, bacteriologia, micoteca, herbário, entomologia, e a de microorganismosentomopatogênios.
